电影《百合绽放》以一桩离奇的谋杀案为背景，讲述了探长上官云峰在解决这一复杂案件中的探寻之旅。林文生，宜和百货的老板，在深夜遭到杀害，令人震惊的是，他的颈部被留下了百合图案，凶手更是在他的口中留下了一张纸条，上面写着神秘的数字密码。

上官云峰（由张栩饰演）迅速介入调查，然而，这个案件似乎充满了谜团，凶手的身份和动机一直让他摸不透。尽管经过了艰苦的调查，但上官云峰一度陷入了困境，毫无头绪。

然而，当类似的凶杀案再次发生，几乎与林文生的死有惊人的相似之处时，一些线索似乎开始浮出水面。方晴等人为上官云峰提供了一些关键信息，其中包括市立大学的陈水寒教授。这个线索为上官云峰提供了新的方向。

上官云峰开始专注于解读那张纸条上的数字密码，他的努力逐渐开始见效。然而，正当他接近真相时，凶手再次出现，制造了第三起命案，令人痛心疾首。