电影《北京你好》以北大校园为背景，讲述了穆鱼、边红旗、孟一明以及孟一明的妻子沙袖之间错综复杂的故事。这个故事发生在上世纪九十年代，是一部描写外地青年在北京追梦的作品。

穆鱼是一位文学院的博士生，他在一次反对战争的主题聚会上结识了边红旗，一个自称是文学青年的诗人。边红旗的才情让穆鱼留下深刻印象，尽管他有一些不为人知的身份。随着孟一明的加入，三个外地青年成了一家人，他们开始了在北京的生活。

然而，北京的生活并不如他们想象中的那样美好。穆鱼专心追求文学梦想，孟一明忙于工作和研究，而边红旗则卷入了一些非法活动。当孟一明的妻子沙袖来到北京时，她试图在这个陌生的城市找到自己的位置。然而，三个男人各自忙于自己的事业，对于沙袖的感受和需求，他们却没有太多的关注。

沙袖的到来，使得三个男人的生活发生了微妙的变化。她开始工作，但孟一明认为这份工作不适合她，引发了矛盾。与此同时，边红旗的行为也让沙袖感到困扰。在这个陌生的城市里，沙袖渐渐失去了自己的方向和存在感。

最终，边红旗被警察带走，穆鱼为自己的选择感到后悔。孟一明决定离开北京回到老家，但在离别的那一刻，他重新与沙袖建立了联系。在北京站的冰冷夜晚，他们终于明白了彼此的珍贵，将过去的不快都抛诸脑后。