故事的主人公是高中一年级的白石纯太，一个平凡无奇、几乎没有存在感的男生。然而，他的同班同学久保同学却是一个与众不同、貌美如花的女生，她似乎总是喜欢找纯太开玩笑。久保同学成为了唯一一个能够察觉到纯太存在的人，而他们之间的互动也逐渐丰富起来。

在教室的一隅，这个平凡男生的生活开始慢慢注入了青春的色彩。通过这部动画片，观众将目睹纯太和久保同学的日常交流和成长，也会感受到他们在青春岁月中所经历的种种欢笑和泪水。

《久保同学不放过我》以幽默、温馨的方式呈现了青春期少年少女间的友情和爱情，给观众们带来了许多快乐和共鸣。通过久保同学和纯太的故事，我们也可以思考和探讨关于存在感、友情与成长的话题。