故事发生在东京湾新设施“海洋边缘”，这里即将成为东京峰会的举办地。然而，在峰会召开的5月1日，这个超大规模的设施却发生了一起巨大的爆炸案。约2万名警察奋力应对着这一突发事件，但令人费解的是，爆炸案的真相越来越扑朔迷离。

在这个事件中，某个神秘的人物出现在了现场，他就是安室透，隶属于公安警察厅秘密组织“零”的成员。他的行动充满谜团，让柯南感到不寻常。更令人惊讶的是，根据现场的指纹证据，爆炸案的嫌疑人被认定为毛利小五郎，这让柯南陷入了两难的境地。

然而，安室透并不像表面那样简单，他过去曾经逼迫嫌疑人自杀的案件也让柯南感到疑惑。与此同时，在小五郎即将被起诉的紧要关头，东京内部爆发了一系列难以理解的恐怖袭击事件。这一切似乎都与某种阴谋有关，柯南和公安警察逐渐接近了事件的真相。

在峰会召开的那一天，也是大型无人探测器“天鹅”完成在火星任务并返回地球的日子。X日的临近，峰会的召开，以及神秘的安室透，这一切都交织在一起，构成了一个扑朔迷离的谜团。柯南将如何解开这个复杂的谜题，揭示背后隐藏的阴谋？安室透究竟是敌人还是伙伴？