电影《女子医療刑務所》讲述了一个被收监在专门用于收容精神和身体障碍受刑者的医疗女子监狱中的美乃里（西野翔）的故事。她因杀人罪被判刑，但实际上，她是为了调查两年前妹妹真奈美莫名自杀之谜而故意入狱的

这所监狱标榜着是社会复归支援机构，但实际上却是女囚受到狱警们暴行的地方，监狱长和内部医生将其变成了人格矫正的试验场。在这个封闭的世界中，黑暗的真相逐渐显露。

美乃里被困惑着这个监狱的异常现象，但她依然执着地追寻着妹妹的踪迹。然而，她逐渐陷入了这个封闭世界的黑暗中，无法自拔。

影片中通过美乃里的经历，揭示了监狱背后的黑暗真相。原本应该是矫正和帮助罪犯复社会的地方，却变成了充满虐待和试验的地狱。监狱的内部暴力和矫正试验的不人道行为，令人感到不安和震惊。