电影《神偷特工》发生在1936年，故事以小偷包来顺为主角，他在罗家湾19号偷走了一颗价值不菲的祖母绿。然而，由于不慎被发现，他只能将宝石藏在书房壁炉后的一个隐秘角落。不久后，包来顺被抓获并入狱，度过了三年的牢狱生活。

1939年，包来顺出狱，却发现重庆已成为陪都，而罗家湾19号则成了军统本部，变得无法接近。在一次机缘巧合下，包来顺决定报名参加军统的培训班，借此机会接近宝石。他的小偷本领使他在培训班中表现出色，六个月后，他被戴笠选中加入军统本部。

原本计划在得到宝石后立刻离开的包来顺，却因在一次刺杀任务中表现出色而被留在了军统本部。然而，他发现当年藏宝石的房间已成了戴笠的办公室，无法进入。他只好留在本部，等待机会。这一决定卷入了军统、日本人、共产党和中统等各方势力的纷争之中，同时，他对女共产党员宋小慈产生了微妙的情感。最终，为了救宋小慈，他毅然付出了生命的代价。